Прошло два года с тех пор, как Дэн и компания разобрались с Нолой. Жизнь у них спокойная, почти скучная, и тут прямо на пороге дома Дэна появляется Драго. Верить своим глазам сложно, но дракону не до сантиментов — его родной мир снова в беде. Новую Вестрою захватили весты, и Драго просит Дэна вернуться и помочь отбить планету. Тот, само собой, соглашается, и вслед за ним в портал успевает прыгнуть Маручо.

На месте они сразу попадают не в курортную зону, а в самое пекло. Новая Вестроя теперь под контролем чужаков, а местное сопротивление уже вовсю воюет. Дэн и Маручо знакомятся с бойцами Фронта Освобождения Бакуган: с Мирой, которая дерется за Сабтерру, Эйсом из Даркуса и Бэйроном из Хаоса. Вместе они собираются дать отпор главной силе вестов — шестерке элитных бойцов, известных как вексы. У каждого из них свои мотивы и свои бакуган, и просто так их не одолеть.

Второй сезон сразу берет более мрачный тон, чем первый. Вместо турниров и случайных стычек тут полноценная война с оккупантами, освобождение территорий и партизанские вылазки. Хорошо, что старые друзья не забывают о Дэне: компания собирается не только из новичков, и старые бакуган, знакомые по прошлым битвам, тоже появятся. Но теперь ставки выше — и не только для Дэна, но и для самих бакуган, чья родина под пятой захватчиков.