Серый корпус буксира режет пустоту. Зеро, ещё недавно адмирал флота, теперь командует судном, которое возит обломки. Война с механоидами закончилась перемирием, Земля под их контролем. Семья адмирала погибла, но он продолжает выходить в рейсы.

В одном из таких рейсов его корабль атакует пират. Тень смерти — так зовут этот корабль. Зеро принимает бой и проигрывает. Позже командование ставит задачу: захватить капитана Харлока, легендарного разбойника, которого боится вся Галактика. Зеро узнаёт, что именно Харлок был тем самым нападавшим.

Судьба даёт адмиралу шанс. Ему возвращают старый линкор «Кария», а в экипаж набирают и людей, и механоидов. Под флагом Независимого Флота Зеро отправляется на поиски пирата. Он будет прочёсывать Вселенную, пока не выйдет на след.