1889 год. Молодой изобретатель Жан встречает девушку Надю, которая выступает в цирке и носит загадочный голубой камень. Вскоре их обоих начинает преследовать таинственная организация, а к ним присоединяется капитан Немо на подводной лодке «Наутилус». Гаргойл, лидер врагов, стремится возродить древнюю империю Атлантов, и его планы напрямую связаны с камнем Нади.

Герои путешествуют по миру, уходя от погонь и ввязываясь в стычки с силами Нео-Атлантиса. Надя и Жан постоянно спорят, но вынуждены держаться вместе. Немо действует со своей стороны, и его мотивы остаются не до конца ясными. Техника конца XIX века переплетается с наследием давно исчезнувшей цивилизации, и это сочетание определяет, как разворачиваются события.

Сериал снят по мотивам замысла Жюля Верна, но сюжет уходит далеко в сторону от его книг. Большая часть истории — это погони, морские сражения и выяснения отношений между героями, в которых хватает и комичных моментов. Вторая половина сериала заметно меняет тон, уходя в более мрачную и замкнутую обстановку.