Тэцуро лишается билета на «Галактический экспресс 999». Незнакомый воин выхватывает его прямо на перроне и запрыгивает в вагон. Тэцуро с Мэтэл бросаются вдогонку, и выясняется, что похититель — единственный живой человек на планете, где всё население обратилось в камень.

Экспресс делает остановку в мире, где окаменевшие люди стоят вдоль дорог и в домах. Воин объясняет: он охраняет их от пиратов, которые разбивают статуи ради наживы. Его возлюбленная тоже стала камнем, и он верит, что где-то есть способ её вернуть. Поэтому он и украл билет — чтобы покинуть планету и найти лечение.

Спецвыпуск 1979 года от студии Toei Animation пересказывает события двенадцатого и тринадцатого эпизодов сериала. История держится на противостоянии воина, который не оставляет мёртвый мир, и Тэцуро, которому нужно вернуть свой билет и продолжить путь.