Ночь. Океанский лайнер «Куин Маргарет» тонет после удара в борт. Среди хаоса Сосай Икс забирает четырёхлетнюю Сэмми, единственную выжившую. Девочку насильно превращают в Джельсадору — нового генерала Галлактора. Проходит два года с момента, когда Земля оправилась от прошлой угрозы, и вот синдикат снова набирает силу, захватывая военных специалистов и учёных.

ИСО вынуждено вернуть строй Кагаку Ниндзятай, но не всё складывается гладко. Кондор Дзе пропал, и его считают погибшим. Даже получив новое вооружение и транспорт, команда действует неуверенно. Доктор Кодзабуро Намбу добавляет проблем, назначив на место G-2 новичка — Гетца Ястреба. Старая сыгранность теряется, а лояльность внутри отряда оказывается под вопросом.

Второй сезон классического сериала о команде учёных-ниндзя. Tatsunoko Production продолжает историю с новыми врагами и прежним напряжением. Судьба Дзе остаётся неизвестной, и это влияет на каждого из оставшихся бойцов.