Агира, Миклас и Уиндом освоились в организации GIRLS. Души древних кайдзю живут в их телах, и девушки привыкли к обычным будням среди людей. Но спокойствие нарушает сообщение о новой разновидности Теней. Эти существа не похожи на тех, с кем приходилось сталкиваться раньше.

Пока остальные готовятся к возможной угрозе, с Alien Guts начинают происходить странные перемены. Она ведёт себя иначе, и никто не может понять причину. Что-то меняется внутри неё, но девушка не спешит делиться переживаниями.

Продолжение истории о кайдзю-герлз показывает, как героини реагируют на новую опасность. Второй сезон раскрывает отношения внутри команды, когда на горизонте появляется неизвестный враг.