В 0079 году Вселенского Века затяжная война между Земной Федерацией и Герцогством Зеон достигает точки, где стороны уже выдохлись. Причиной конфликта стало перенаселение планеты: больше девяти миллиардов человек переселили в космические колонии, и одна из групп таких поселений объявила о своей независимости. Восемь месяцев боевых действий не приносят перелома.

Федерация делает последнюю ставку на новый корабль «Белая База» и прототип мобильного воина — Гандам. За штурвал этой машины садится юный пилот Амуро Рэй, которому не особо оставили выбора. Он не профессиональный военный, и его реакция на происходящее часто идёт вразрез с приказами старших офицеров.

Амуро приходится осваиваться в роли пилота, пока «Белая База» прорывается сквозь территорию, контролируемую силами Зеона. На его стороне — способности механика и природная интуиция, но против него — опытные асы противника, у которых за плечами не один бой. Война постепенно выходит за рамки столкновения идеологий, показывая, как она ломает и тех, кто сражается за Зеон, и тех, кто защищает Федерацию.