Помнишь то время, когда аниме ещё умело удивлять масштабом? «Макросс Зеро» — это как раз такая история. События разворачиваются на Земле, расколотой войной за объединение человечества. Всё началось после того, как на планету рухнул огромный инопланетный корабль, и теперь разные фракции сражаются за его технологии. Главный герой, пилот Син Кудо, — парень, который как раз оказался в эпицентре этого конфликта. Он летает на новейшем истребителе VF-0 из только что собранного отряда «Череп», но его машину сбивают прямо над тропическим архипелагом.

Син чудом выживает и попадает на остров, где местные племена живут в полной гармонии с природой, не подозревая о большой войне. Здесь он не только пытается починиться и выбраться, но и сталкивается с чем-то, что переворачивает его представление об этом мире. А тем временем вокруг острова сгущаются тучи: битва за эти земли может стать решающей для всей кампании. Пилоту приходится разбираться, где свои, а где чужие, и что на самом деле важнее — выполнить приказ или защитить тех, кто тебе доверился.