Субару Хосикава учится в пятом классе. Его отец пропал в космической катастрофе, и с тех пор мальчик живет с матерью, стараясь не думать о прошлом. В 220X году радиоволновые технологии соединили мир волновой дорогой — сетью, по которой передаются данные и сигналы.

Однажды Субару встречает Уор-Рока — существо, прибывшее с далекой планеты FM. Уор-Рок утверждает, что знает об отце Субару. Но за пришельцем охотятся другие инопланетные создания, и мальчик оказывается втянут в их разборки. Чтобы выжить, Субару и Уор-Рок объединяются и сливаются в Мегамена — радиоволнового воина, способного перемещаться по волновой дороге и сражаться с вирусами и пришельцами FM, угрожающими Земле.

Теперь Субару приходится совмещать школу, семью и битвы с существами, которых не видят обычные люди. Каждое сражение приближает его к разгадке тайны отца, но и делает его мишенью для новых врагов.