2199 год. Земля лежит в руинах после атаки гамилусиан, чья армия задавила человечество числом и огневой мощью. Выжившие прячутся под землёй, но радиация всё ближе. Спасти планету может только экипаж линкора «Ямато», который отправился за технологией Космореверса к союзной расе. Миссия прошла успешно, и теперь корабль возвращается домой.

Мир с гамилусианами заключён, Космореверс на борту, и ничто не предвещает проблем. Но на краю Большого Магелланова Облака «Ямато» сталкивается с неизвестной группой инопланетян. Короткий бой оборачивается неожиданными последствиями для корабля и всей команды — теперь им предстоит разбираться с тем, что они натворили.

Полнометражный фильм студии Xebec, продолжающий сюжет сериала «Космический линкор Ямато 2199». История держится на контрасте между обретённой надеждой и новой угрозой, которая рушит всё, что казалось решённым. В центре — цена, которую платишь за ошибки, и то, как быстро привычный порядок может развалиться.