Ямато» вернулся с Искандера три года назад. Земля восстановлена, с Гамилусом подписан мирный договор, а на орбите строят новый флот с броненосцем «Андромеда» во главе. Старша просит остановиться, но Земля наращивает военную мощь. Цена такого «мира» — жизни экипажей, отправленных на подавление остатков сопротивления.

Тереза, молящаяся о спокойствии в космосе, зовёт «Ямато» в новый поход. Сначала капитан не понимает, зачем. Ответ приходит сам: Гатлантис, чья угроза уже охватывает вселенную, приближается к Земле. Кораблю снова приходится выбирать между приказом и тем, что он считает правильным.

Сериал продолжает линию противостояния двух флотов — старого, где решения принимают люди, и нового, где всё решает стратегия. Через Кодзо и Сусуму, через их разногласия с командованием, видно, как «Ямато» становится не просто кораблём, а символом той цены, которую платят за мир.